En peces afectados con amebiasis branquial, se ha observado a nivel histológico una marcada hiperplasia epitelial y fusión lamelar, lo que a menudo conduce a una pérdida de la arquitectura branquial con obliteración de los espacios interlamelares. Varias especies de amebas pueden estar involucradas, algunas de ellas invadiendo el epitelio lamelar, pudiendo observar trofozoitos en pequeños grupos  dentro epitelio branquial como también sobre la superficie. Varios métodos de diagnósticos pueden ser utilizados para la detección de amebas, entre ellos, frotis fresco, histopatología, aislamiento y cultivo,...